L-aħwa jwettqu t-teknika alkemika pprojbita tat-trasmutazzjoni umana fi sforz biex jirxoxtawha meta Trisha tmut bil-pesta. Bħala riżultat, it-trasmutazzjoni taqbad lura u fil-liġi bi skambju ugwali, ir-riġel tax-xellug u l-ġisem kollu ta 'Edward ta' Alphonse huma rrovinati. Edward jitlef id-driegħ tal-lemin tiegħu biex isalva r-ruħ ta 'Alphonse, u jorbtuha b'siġill tad-demm fi libsa ta' korazza. Roy Mustang jistieden lil Edward biex isir metodu biex jirrestawra l-ġisem ta 'Alphonse biex jiġi rriċerkat minn Alchemist tal-Istat. Edward jirbaħ, u sar l-isem skont il-parti riġlejni protetiċi tiegħu, il-Fullmetal Alchemist.
Tliet snin wara, l-Elrics tfittex il-Ġebla Filosofali leġġendarja biex twettaq l-għanijiet tagħha. Marcoh jibgħat in-noti tiegħu biex jinstabu minnhom, madankollu jitgħallmu l-fattur essenzjali biex verament jagħmlu l-Ġebla huma s-sagrifiċċji tal-bniedem. Il-ħbieb ta 'Mustang, Maes Hughes, ikompli r-riċerka tagħhom, iżda jinqatel b'tir b'Invidja moħbija talli sab l-istrateġiji tal-Homunculi.
Meta jaraw ma 'Izumi, l-Elrics jitgħallmu li t-trasmutazzjoni tal-bniedem saret minnha fuq it-tarbija tagħha li twieldet mejta. Ir-Regħba tal-omunculus diżonesti taqbad lil Alphonse, iżda hija salvata mill-president ta 'Amestris, ir-Re Bradley, muri li jiffunzjona bħala Wrath tal-homunculus. Ir-regħba hija għalhekk imdewwba minn u assorbita mill-ġdid ġewwa l-oriġinatur Missier tal-Homunculi. Winry u l-Elrics jirritornaw lejn il-Belt Ċentrali biex imorru ma 'Hughes imma jsiru jafu bit-tgħaddi tiegħu. Il-Logutenent Maria Ross huwa inkwadrat għall-omiċidju ta ’Hughes, iżda jidher li jinqatel minn Mustang. Madankollu, Edward isir jaf li t-tluq ta 'Ross sar fi stadju sabiex tkun tista' tiġi kuntrabandata minn Mustang mill-istati uniti għal Xing, megħjun mill-prinċep Xingese Ling Yao. Hohenheim jerġa 'jingħaqad ma' Edward iżda jiddisprezzah għan-nuqqas twil tiegħu fir-residenza.
Hekk kif in-narrattiva tavvanza, l-Homunculi jiltaqgħu magħhom il-protagonisti ripetutament. Mustang joqtol ix-xewqa; Mustang u Ling jaqbdu l-Gluttony, madankollu jispiċċa jikkonsma l-Għira fin-null tiegħu, u Edward, żaqq li jixbah lil Ling. Il-Gluttony jieħu lil Alphonse biex jiltaqa 'ma' Missier, iżda Ling idur dritt f'homunculus, speċifikament l-aktar avatar ġdid ta 'Greed, meta l-oħrajn jaħarbu miż-żaqq ta' Gluttony. L-Elrics jinħelsu biex ikomplu l-insegwiment tagħhom sakemm Patri ma jkunx oppost minnhom.
Billi sab mina taħt l-art taħt Briggs, il-Ġeneral Olivier Armstrong isib lil Missier u l-Elrics ilu joħloq grupp ta ’trasmutazzjoni nazzjonali u beħsiebu jagħti liċ-ċittadini tiegħu sabiex ikun jista’ jitla ’lejn l-alla. Ir-regħba tirkupra tittradixxi l-memorji ta ’Missieru u ta’ dak li kien preċedenti, flimkien ma ’wara, u Edward, il-minions tal-kimera ta’ Kimblee Hohenheim. Hohenheim jiżvela lil uliedu individwalment li mhuwiex mortali, mibdul dritt f'Ġebla Filosofali ħajja minn Missier erba 'mitt sena lura.
Jasal Jum il-Wegħda u Missier jipprepara biex jibda l-istrateġija tiegħu wara eklissi u dawk li ppruvaw it-trasmutazzjoni tal-bniedem bħala s-sagrifiċċji tiegħu li huma essenzjali. Id-diversi protagonisti jikkonfliġġu mal-minions tal-Missier, bl-Homunculi kollha jiskadu. Wara Mustang sfurzat, kif ukoll l-Elrics, Izumi, Hohenheim jinġabru hekk kif il-kawżi li missier jattiva t-trasmutazzjoni nazzjonali. Madankollu, Scar u Hohenheim jattivaw lill-Amestrians biex jiġu salvati permezz ta 'kontromiżuri. Ir-regħba hija rrovinata minn Missier, għalkemm missier jiffaċċja l-art fejn il-protagonisti jiġġieldu miegħu biex jilbes il-Ġebla tal-Filosofu tiegħu.
Alphonse, li l-armatura tiegħu hija kważi rovinata permezz tal-aħħar kunflitt kontra Missier, jagħti l-ispirtu tiegħu biex jerġa 'jikseb id-driegħ tal-lemin, li min-naħa tiegħu jeqred il-Ġebla tal-Missier, u jibagħtu lura lejn il-Bieb etereu tal-Verità ta' Edward. Edward jitlef il-poter tiegħu li jagħmel l-alkimija biex jirkupra r-ruħ u l-ġisem ta 'Alphonse. Hohenheim jara l-qabar fejn imut bi tbissima ta ’Trisha.
